Automatisierte Extraktion mit Magnetic Beads

Manuelle DNA Extraktionsmethoden sind meist sehr zeitintensiv und der Erfolg hängt stark von der Erfahrung des Laborpersonals, dem Extraktionsverfahren und der Probenmatrix ab.

Die Extraktion der Nukleinsäuren (DNA/RNA) wird durch die hohe Variabilität an Probenmatrizes für Lebensmittelanalyselabore zu einer großen Herausforderung. Inhibitorische Substanzen wie Alkohole (Ethanol, Isopropanol), Tenside (CTAB, SDS, Triton X100) Salze (z.B. Natriumchlorid), pflanzliche Inhaltsstoffe (z.B. Polyphenole, ätherische Öle) sowie sehr geringe DNA Gehalte durch hohe Prozessierung können nachfolgend die PCR Analyse erschweren. Diese Substanzen müssen bei der DNA-Extraktion entfernt werden. Optimierte Probenaufbereitungsprotokolle für die DNA Extraktion sind daher die Basis für reproduzierbare PCR Ergebnisse.

SureFast® Mag PREP Food, ein auf Magnetic Beads basierendes Extraktionskit, wurde für die Extraktion pflanzlicher, tierischer und bakterieller DNA aus Rohstoffen, schwach und stark prozessierten Lebens- und Futtermitteln und Anreicherungen mit dem TANBead Maelstrom-8 Autostage entwickelt.

In einer umfangreichen Studie wurden die Ergebnisse eine Vielzahl an Lebens- und Futtermitteln sowohl mit einer Spin-Filter als auch einer auf Magnetic Beads basierenden Extraktion, miteinander verglichen. Grundlage der Magnetic Bead basierten Extraktion war das SureFast® Mag PREP Food unter Verwendung des TANBead Maelstrom-8 Autostage.

Die Unterschiede zwischen den Cp- Werten lagen bei maximal 1-2 Cp. Auch schwierige Matrizes wie z.B. Wasabi und Schokolade wurden erfolgreich automatisiert extrahiert. Für einige Matrizes konnten, unter Verwendung der bead-basierten Methode, bessere real-time PCR Ergebnisse im Vergleich zu den herkömmlichen Extraktionskits erzielt werden.

Darüber hinaus ist Zeit ein entscheidender Faktor in einem Lebensmittelanalyse-Labor. Oberstes Ziel ist neben einem qualitätsgeprüftem Analyseergebnis, die Durchlaufzeit einer Probe im Labor so gering wie möglich zu halten. Dafür ist eine hohe Effizienz im Bearbeitungsablauf unerlässlich.

Unter Einsatz des TANBead Maelstrom-8 Autostage ist es möglich, bis zu 8 Proben parallel zu bearbeiten. Die Abbildung zeigt, dass mit dem Einsetzen der automatisierten Extraktion durch das TANBead Gerät, freie Kapazitäten des Laborpersonals entstehen, die z.B. für die Bearbeitung weiterer Proben oder anderer Tätigkeiten zur Verfügung stehen.

Der Einsatz des SureFast® Mag PREP Food Kit in Kombination mit dem TANBead Maelstrom-8 Autostage, bietet dem Anwender reproduzierbare Ergebnisse, bei gleichzeitiger Zeit- und Personalersparnis. Beides ist nun bei CONGEN erhältlich.

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